冯从吾(1557－1627)，字仲好，号少墟，谥恭定，西安府长安(今西安市)人，晚明著名的理学家、教育家，是明代关学的集大成者。冯从吾的著作被编为《冯恭定公全书》，此外，还有两篇冯从吾关于伊斯兰教的碑文，颇有史料价值，对我们全面了解冯从吾的思想一定会有帮助。
一为《拓建敕修清修寺》(位于西安城内化觉巷)：
夫清修寺之设从来远矣。□建于唐之天宝，由宋逮元暨及我太祖高皇帝玺命，历数百年，于兹世传宝锡，一时清教成知景从。经皆浩繁，未易殚述，撮其大要：念、礼、把、舍、聚五字而已。□曰念者，心心相印，口口真经也；礼者，仰邀帝赐，重酬国恩也；又曰把者，谨持修心炼性之谓也；舍者，好施给，急周乏之谓也；曰聚，则收散合离，百千为群，明经析典，化诲诏诫，令正□邪，惟善之兢兢耳。千头百绪，总归五字，五字虽约，要皆真诠。若清教□诚得先天之秘，而真人还真性，永永不磨乎?我高皇帝忻而崇之重之以寺，而且敕以清修，有由然哉!讵意岁久制涂规度，尚狭不增而新之?奚以副我皇上重清教之美意，又奚以焕本寺之色泽，而揭清教如日月也?兹遇本寺礼部掌教官马光元、督教哈仲贤、副教金自贵、□教马应干，奋然起而欲增且新之，叩长安县主曹申、按察司宪台王准修，又以乡老金钺马大元等处心监修，□本教有力善者，各捐资不一，同心协力，营此修葺，充拓门殿，规模广远，栋宇高耸，较前若倍，视若吾儒之樗星殿阁不少让焉。所谓千圣一心，万古一道，信匪虚矣。成邑庠士马腾龙偕西寺掌教马行健谒祭为文，余不容于故属，以言肃哉。真教□净清明，识还□□，不着尘纷，一元秉粹，上跻真君，本寺本教盖不朽云。是为记。
赐进士出身、文林郎、河南道监察御史、奉敕巡按直隶等处、督理长芦山东盐课兼河道、前翰林院庶吉士冯从吾撰。
明万历三十四年岁次丙午夏四月吉日立石。
一为《敕赐清真寺碑记》(位于西安城内大学习巷)：
赐进士第、资政大夫、正治上卿、工部尚书、前翰林院庶吉士、奉敕巡按直隶等处监察御史、太仆、大理等寺左右少卿、侍经筵、南京都察院掌院事、右都御史京兆冯从吾撰。
粤自鸿蒙，剖判宇宙，内操道术以鸣世者无虑，千百万亿，大抵人持一议，家操一喙，其他旁门异说难以缕指，而惟佛老二家其记最著，然攻佛教者流于虚无寂灭，宗老氏者争言清净无为，皆偏而未备，驳而未纯，总之未离奥(穴交)之中，仰青天而观白日也。唯清真一教，印以孔孟真传，其人伦日用之典妙乎正心诚意之理，推而可以为齐家治国均平之化，注经有六千六百六十六段，意旨固出于天授，尽夫恕可能知可能行者无异说也。昔圣有穆含默德修斯道以立教，俾教众竭夤畏以酬天恩，按日时以报帝德，兼以祝延圣寿，嘿佐皇图，其视圣像画形，假牲帛祝号以希照，格饰虚文缛节以邀福利者，相去盖迳庭矣。右长安新兴坊有清真寺，庙貌巍峨，廊庑壮丽，盖本于历代所建，而在唐中宗时已赐名清教寺，在玄宗朝复敕改唐明寺。在元中统间，又敕名回回万善寺，而督修者兵部尚书伯颜也。元大德时，又差官重修，而董其事者平章政事赛典赤也。在我朝洪武十七年，仍敕赐清真寺，而修建者尚书铁铉也。永乐十一年，又敕命重修，而与有劳者太监郑和也。相沿至今，夫非所谓古刹一大观胜境哉!松江府金山卫经历司经历长安马讳化翔者志具历代旌表之盛典，为之立碑，以记不朽。
时在天启六年仲冬之十一月也。
大约在610年，穆罕默德(约570－632年)开始在麦加宣传伊斯兰教。622年穆罕默德及其信徒从麦加出走，迁移到麦地那，这件事阿拉伯语叫做“希吉拉”，这一年后来被定为回历元年。630年，穆罕默德率领一万人兵临麦加城下，麦加贵族无力抵抗，只好妥协。从此伊斯兰教奠定了在阿拉伯半岛的统治地位。穆罕默德的继承人称为哈里发。651年，哈里发派使节出访中国，当时唐高宗在位，中国史书上留下了两国友好往来的最早记录。所以，从唐朝开始，今天的西安就一直有回民居住区，并建有清真寺。清初，在今西安及其四郊，清真寺达到63座之多。
咸丰七年，重刻《敕赐清真寺碑记》，所以，它比《拓建敕修清修寺》保存的内容要完整一些。这两篇碑文，记录了两座清真寺的历史，有助于我们了解这两座清真寺的历史变迁和修建过程；更重要的是，它们反映了理学家冯从吾对伊斯兰教的态度和认识，有助于我们进一步全面了解冯从吾的思想和学术主张。
冯从吾一生主要以讲学为职志，在学术上，继承了关学重会通的优良传统，努力做到远接孔孟真精神，近合程朱陆王而为一，与其他理学家相近，“于异端是非之界，则辨之不遗余力”。冯从吾在这里也批判佛道，指出“攻佛教者流于虚无寂灭。宗老氏者争言清净无为，皆偏而未备，驳而未纯，总之未离奥(穴交)之中，仰青天而观白日也”。就是对当时刚从西方传来的天主教亦有偏见，惟独对伊斯兰教评价很高，认为“千圣一心，万古一道，信匪虚矣”，“清真一教，印以孔孟真传，其人伦日用之典妙乎正心诚意之理，推而可以为齐家治国均平之化”，不难发现，他融合了心学的“千圣一心，万古一道”思想观念，并且体现了儒家内圣外王的基本立场和裁夺标准。
另外，冯从吾对伊斯兰教积极容纳的态度，从一个侧面说明了当时西安地区回汉民族融和、和平相处、民族团结的良好局面。这大概是因为冯从吾一生大部分时间居家讲学，而他的家则在今天西安城西南的冯家村(西北工业大学家属院西北角)，周围是回民聚居区，与之和睦相处，成为好邻居好朋友。
